Эмбриональные, или онкофетальные, антигены представляют собой молекулы, которые манифестируются клетками на определенных стадиях эмбрионального развития, однако отсутствуют (или экспрессируются в следовых количествах) в нормальных зрелых клетках. Наиболее важное клинико-иммунологическое значение имеет выявление альфа1 и альфа2- фетопротеинов и карциноэмбрионального антигена. Альфа-фетопротеин представляет собой альфа-глобулин, синтезируемый печенью плода, особенно в первом триместре беременности. В диагностически значимых концентрациях он появляется при опухолях печени, поджелудочной железы, эмбриональной карциноме а также при остром вирусном гепатите.
Карциноэмбриональный антиген представляет собой гликопротеин, который является частью семейного иммуноглобулина и выполняет функцию межклеточных адгезивных молекул. Этот антиген определяется в слизистой кишечника, печени и поджелудочной железы плода на протяжении двух первых триместров беременности.